Фамилия Липченко образована по распространённой в украинской, белорусской и южнорусской среде модели: суффикс -енко (уменьшительно-патронимический) прикреплён к основе Липк-. Буквально это значит «сын Липки» или «потомок Липки». Такие фамилии на -енко в XVI–XVII веках закреплялись за казаками и крестьянами на территории современной Украины, а затем распространились дальше.

Основа Липка — это мирское имя или прозвище, которое может иметь несколько объяснений. Самое прямое: от названия дерева липа. У славян липа считалась святым, чистым деревом, её не рубили без нужды, а цвет и кору использовали как лекарство. Давая ребёнку имя Липа (или Липка), родители могли желать ему здоровья и защиты — по древнему обычаю имя от дерева должно было сделать дитя «своим» для природы.

Вторая версия — прозвище по месту жительства. Липкой могли назвать человека, чей дом стоял у липовой рощи или кто владел липовым лесом. Такие прозвища давали без особой фантазии, зато метко.

Третья версия менее очевидная, но стоит упоминания: в украинских говорах есть глагол «липати» — отдирать верхний слой, ломать, бить. От него могло возникнуть прозвище Липка для строителя, который «обдирал» кору с брёвен или работал с деревом. Однако эта этимология спорная: фамилий с таким корнем, образованных от глаголов, на востоке Украины почти нет, а вот «растительная» основа встречается постоянно.

Сравните с однокоренными фамилиями: Липов, Липкин, Липенко, Липский. Все они густо распространены на Левобережной Украине и в прилегающих областях России. Липченко — одна из самых прозрачных по составу, но неоднозначная по смыслу. Что бы ни лежало в основе — имя от дерева, прозвище жителя рощи или ремесленника, — ясно одно: предок носителя этой фамилии жил в среде, где липа была заметным и уважаемым деревом.