Фамилия Липченков — одна из тех, где разбор начинается не с корня, а с суффикса, потому что он сразу указывает на географию. Суффикс -енков типичен для южнорусских и украинских земель, особенно для территорий бывшей Слобожанщины (нынешние Харьковская, Сумская, Белгородская области). В центральной России чаще встречались фамилии на -ов (Липченков → Липченко → Липченков), а вот форма на -енков закрепилась именно там, где под влиянием украинского языка отчества и прозвища оформляли через -енко, а затем русифицировали, добавляя русский патронимический суффикс -ов.

Основа — Липченко. Это уменьшительно-ласкательная форма от имени или прозвища Липка. Липкой в народе могли называть человека по нескольким причинам. Самая прямая — по дереву липе: либо за медлительность и мягкость характера (липа — дерево мягкое, податливое), либо за род занятий — бортник, добывавший липовый мёд, или мастер, резавший из липовой коры мочало и лапти. В словаре древнерусских имён и прозвищ встречается имя Липка как неканоническое, данное по внешнему сходству или по месту жительства — у липовой рощи.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: Липка — производное от крестильного имени Филипп (в просторечии Филипка → Липка). В говорах начальное «фи» часто отбрасывали или упрощали: Филипп — Лип. Но тогда фамилия скорее звучала бы как Липкин или Липков, а цепочка Липка → Липченко → Липченков предполагает именно прозвищную основу, а не сокращение от канонического имени.

Так что предок носителя фамилии Липченков — скорее всего, человек по прозвищу Липка, живший на южнорусской окраине, возможно, занимавшийся ремёслами, связанными с липой, или просто живший в липовой местности. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, возникла не раньше XVII века, когда на Слобожанщине начали массово закрепляться фамилии по отцу с суффиксом -енко.