Фамилия Липинина звучит женственно, но её основа — мужская. Это типичная «матримониальная» фамилия, образованная от женского имени или прозвища через притяжательный суффикс -ин. В русской традиции такие фамилии давали детям, если мать играла ключевую роль в семье (вдова, солдатка) или была известна в округе больше, чем отец. Липинина — буквально «жена Липинина» или «дочь Липины». А вот корень у этой цепочки уже мужской: Липина.

Самая прямая версия происхождения — от прозвища Липа. В древнерусском языке «липа» означала не только дерево, но и нечто ненадёжное, обманчивое (сравните «облипать» — обманывать). Прозвище Липа могли дать человеку неискреннему, льстивому. Второй вариант — отчество от нецерковного имени Липа, которое давали по названию дерева (такие «растительные» имена были обычны: Дуб, Берёза, Осина). Третий, менее вероятный, — от названия местности: житель села Липино или Липня.

Суффикс -ин указывает на принадлежность, но в фамилии Липинина он стоит дважды: сначала в основе (Липин → Липинин), что характерно для женских форм от фамилий на -ин. То есть мужская форма — Липинин, а Липинина — это «она из рода Липининых». Такая модель встречается реже, чем простые «Липины», и может говорить о более позднем оформлении фамилии или о том, что родоначальник носил двойной суффикс.

Географически фамилия редкая. Встречается в основном в центральных областях России (Тверская, Ярославская, Московская губернии), где топонимы Липино и Липня распространены. В дореволюционных переписях Липинины фиксировались как крестьяне и мещане. Сословного барьера не было: прозвище Липа носили и крепостные, и посадские люди.

Известных носителей с такой фамилией в истории немного — это типичная «тихая» фамилия, не попавшая в дворянские родословные книги. Но именно поэтому она сохранила бытовой, народный оттенок: предки Липининых, скорее всего, были простыми людьми, которых прозвали за характер или по месту жительства среди липовых рощ.