Фамилия Липинин образована по одной из самых распространённых в русском языке словообразовательных моделей — с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: буквально Липинин — «чей?» — «сын Липины» или «потомок Липини». Подобные именования, построенные по той же модели, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян.

В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Липиня. Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени — как христианского, так и языческого. В данном случае корень «лип-» почти наверняка связан со словом «липа». Липа на Руси была деревом особенным: из её коры драли лыко на лапти, из древесины резали посуду и ложки, а липовый цвет шёл на лекарства. Прозвище Липиня могли дать человеку, который жил у липовой рощи, занимался заготовкой лыка или просто был высоким и статным, как липа.

Менее вероятна, но допустима версия происхождения от уменьшительной формы крестильного имени Филипп. В народном произношении имя Филипп часто редуцировалось до Лип, Липа, Липиня (с отпадением начального «Ф»). Если это так, то Липинин — потомок человека, которого в быту звали Липой, то есть Филиппом.

Встречаемость фамилии крайне редкая. Географически она привязана в основном к северным и центральным областям России, где традиционно были сильны промыслы, связанные с липой, — например, в Костромской, Вологодской и Нижегородской губерниях. Известных исторических носителей с этой фамилией не зафиксировано, что неудивительно: Липинины, скорее всего, принадлежали к крестьянскому или мещанскому сословию и не попали на страницы крупных биографических справочников.