Фамилия Липсе — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение неочевидно, и однозначного ответа на вопрос, откуда она взялась, нет. Однако можно выделить две основные версии, и обе ведут не в глубь веков, а к относительно недавним процессам формирования фамилий у разных народов.

Первая и наиболее вероятная версия — латышское или литовское происхождение. В балтийских языках слово «līpe» (лиеп) означает «липа», а суффикс -е или -э характерен для многих фамилий в Латвии и Литве (ср. Лиепа, Лиепс, Лиепиньш). Фамилия Липсе могла возникнуть как прозвище человека, жившего у липовой рощи, либо как указание на занятие — например, сборщика липового цвета или мастера по липовой древесине. В пользу этой версии говорит и окончание -се, которое в русском языке не является типичным фамильным суффиксом, а в прибалтийских регионах встречается часто. Предки носителя такой фамилии могли быть латышами или литовцами, переселившимися вглубь России в XIX–XX веках.

Вторая версия — искусственное или канцелярское происхождение. В Российской империи при переписях и выдаче паспортов чиновники нередко искажали фамилии на слух, записывая их в непривычной для носителя форме. Липсе могло возникнуть из более распространённой фамилии Липский, Липкин или Липпе, если писарь сократил или переделал окончание по аналогии с немецкими или польскими образцами. Такое встречалось у крестьян и мещан, не имевших твёрдого родового имени.

Словообразовательная модель фамилии не укладывается в привычные русские рамки. В ней нет суффиксов -ов, -ин, -ский, которые указывали бы на принадлежность отцу или местности. Это говорит о том, что фамилия либо поздняя (сформировалась уже в XX веке), либо нерусская по корню. Если же рассматривать гипотезу о редком немецком корне (от фамилии Lips, Lipss, с добавлением -e), то она менее состоятельна: в немецкой традиции такое окончание почти не встречается, а в остзейских немецких фамилиях преобладают формы на -с, -з, -ус.

География фамилии Липсе сегодня — это в основном западные регионы России и страны Балтии. Встречается она редко, что делает её ценной для генеалогического поиска: чем уникальнее фамилия, тем проще проследить историю конкретной семьи по архивам. Если ваши предки носили фамилию Липсе, стоит искать их следы в метрических книгах Псковской, Витебской или Курляндской губерний — там балтийский след наиболее вероятен.