Фамилия Липес — редкий случай, когда происхождение почти наверняка лежит за пределами восточнославянской традиции. В русском языке нет корня «лип-» с суффиксом -ес, который образовывал бы фамилию по продуктивной модели. Это сразу указывает на заимствование.

Скорее всего, перед нами фамилия еврейского происхождения. Она восходит к идишскому слову «липе» — липа (дерево) или к топониму Липа (например, местечко в Галиции). Суффикс -ес в ашкеназских фамилиях часто указывал на принадлежность к месту: Липес — «тот, кто из Липы» или «липовый». В пользу этой версии говорит и то, что фамилии на -ес (Бернес, Когандес, Рабинес) типичны для еврейских фамилий, образованных в XIX веке на территории Российской империи и Австро-Венгрии.

Менее вероятная, но возможная версия — балтийское происхождение. В латышском и литовском есть основа «liepa» (липа), и фамилия Липес могла возникнуть как латышская форма без типичного латышского окончания -с (Лиепс), либо как литуанизированный вариант. Однако в этом случае фамилия встречалась бы преимущественно в Латвии и Литве, а не рассеялась по черте оседлости.

Встречаемость фамилии в современных российских базах крайне низкая. Это подтверждает, что Липес — не массовая русская фамилия, а скорее редкая, сохранившаяся в семьях, чьи предки мигрировали из западных губерний. Если ваш предок носил фамилию Липес, с высокой вероятностью он был уроженцем Волыни, Подолья или Бессарабии, где в XIX веке жили еврейские общины, говорившие на идише.