Фамилия Липеса — редкая, и её происхождение неочевидно с первого взгляда. Скорее всего, она имеет еврейские корни, а её основа — топонимическая. Фамилия образована от названия города Лиепая (Liepāja) в Латвии. В русском языке этот город долгое время называли Либавой, но в некоторых диалектах и в бытовой речи звучал вариант «Липеса» — так же, как могли называть и выходца оттуда. Суффикс -а в конце указывает на то, что фамилия не прошла стандартную русскую обработку (не стала Липесов или Липесин), а сохранилась в форме, близкой к исходному прозвищу или самоназванию.

Есть и другая, менее вероятная версия: от литовского слова liepa — «липа». В таком случае Липеса могло быть прозвищем человека, жившего у липовой рощи, или же образованием от фамилии Липский через диалектное изменение. Но эта гипотеза слабее, потому что для литовской и латышской ономастики типичнее окончания -ис, -ус, -айтис, а не -а.

Фамилия Липеса встречается в основном у еврейских семей, которые жили на территории бывшей Черты оседлости — в Латвии, Литве, Беларуси, на западе Украины. Носители фамилии могли быть ремесленниками, торговцами или мелкими служащими. Сословной привязки нет: среди еврейского населения фамилии такого типа давали всем, независимо от статуса.

С точки зрения словообразования, это простая бессуффиксальная модель: топоним или прозвище напрямую стало фамилией. В русском языке такие фамилии редки и обычно указывают на позднюю фиксацию или иноязычное происхождение носителя.