Фамилия Липштейн — классический пример ашкеназской фамилии, образованной по немецкой топонимической модели. Её основа — немецкое слово «Linde» (липа) или, что точнее, идишское «липэ» (липа), вторая часть — «-штейн» (камень). Дословно фамилию можно перевести как «липовый камень» или «камень у липы». Но ключ к её происхождению не в буквальном значении, а в том, что так называли человека, который жил рядом с каким-то примечательным местом: домом с вывеской «У липового камня», скалистым холмом, поросшим липами, или даже трактиром с таким названием. В Германии и Австрии подобные топонимы встречались нередко, и переселенцы-евреи, получившие фамилии в конце XVIII — начале XIX века, часто брали себе названия тех мест, откуда происходили.

В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые указывают на принадлежность (чей сын), модель на -штейн чисто географическая и социально нейтральная. Она не говорит о ремесле или сословии, а лишь фиксирует точку на карте. Интересно, что в массовом сознании фамилии на -штейн часто ассоциируются с еврейским населением Восточной Европы, но на самом деле они пришли туда вместе с немецкоязычной администрацией. Липштейн — не исключение: наибольшее распространение фамилия получила в черте оседлости Российской империи, особенно на территории современных Украины, Беларуси и Польши.

Споров вокруг этой фамилии немного. Иногда пытаются связать её с еврейским словом «липша» (ложь) или с названием города Липштадт, но это натяжки. Правдоподобнее версия, что в основе лежит именно «липа» как дерево, а не имя собственное. В славянской среде фамилия могла немного видоизменяться: в документах встречаются написания Липштайн, Липстин, но ядро остаётся тем же. Встречается и вариант Липштейн — с двумя «п», что связано с особенностями передачи немецкого написания «Lippstein» (где «pp» означало краткий гласный).

С точки зрения социальной истории, носители фамилии Липштейн — это, как правило, не аристократия, а городское население: ремесленники, торговцы, позже — интеллигенция. Среди известных Липштейнов действительно много врачей, юристов, учёных и деятелей культуры, что отражает общую тенденцию ашкеназских фамилий, владельцы которых активно вливались в европейскую образованную среду. Однако приписывать фамилии изначальный «интеллектуальный» статус не стоит: она возникла из обычной бытовой привязки к местности.