Фамилия Липшев — редкий случай, когда на слух она кажется простой и прозрачной, а на деле ставит перед этимологом выбор между несколькими корнями. В русской ономастике фамилии на -шев обычно отталкиваются от имени или прозвища с основой на шипящий: например, от Гриша, Тиша, Паша. Липшев — из того же ряда, но с неожиданной основой.

Самая вероятная версия — происхождение от прозвища или неканонического имени Липша, которое, в свою очередь, могло быть производным от имени Филипп. В народном произношении имя Филипп часто сокращалось до Липа, Липка, а уменьшительная форма с суффиксом -ша давала Липша — так же, как от Григорий получали Гриша, от Тимофей — Тиша. Фамилия Липшев, таким образом, означает «сын или потомок Липши», то есть Филиппа. Суффикс -ев указывает на принадлежность, и это стандартная модель для фамилий от основ на мягкий согласный или шипящий.

Менее очевидный, но возможный вариант — связь с личным именем Лип, которое встречалось в западных и южных славянских землях как краткая форма от Липольт (народное переосмысление немецкого Либольд) или от языческого имени, связанного с деревом липой. В таком случае Липшев — это отчество от Липша, образованного от имени Лип. Эта версия правдоподобна, если предки носителя фамилии происходили из регионов, где были сильны польские или украинские влияния.

Третья, самая прямая гипотеза — прозвище Липша, данное человеку, жившему у липовой рощи, торговавшему липовым лубом или славившемуся липовым (поддельным) товаром. Однако в русской традиции прозвища от деревьев чаще образовывались через суффиксы -ов, -ин (Липов, Липин), а форма с -ша для «растительного» прозвища нетипична и встречается редко. Поэтому эта версия слабее, хотя полностью исключать её нельзя.

Географически фамилия Липшев встречается спорадически, без ярко выраженного гнезда, но заметна в центральных областях России и на юге, где было распространено имя Филипп. В списках однодворцев и крестьян XVII–XVIII веков такие фамилии могли фиксироваться в разных уездах, но массового распространения не получили.

Таким образом, с большой долей уверенности можно сказать, что Липшев — это отчество от народной формы имени Филипп. Фамилия недвусмысленно указывает, что родоначальника звали Липша, а за этим прозвищем стояло имя апостола, что делает её частью большой группы русских фамилий, возникших из уменьшительных форм крестильных имён.