Фамилия Липшан — редкий случай, где географическое происхождение перевешивает прозрачность корня. Сразу скажем: в русской среде её почти нет. Основной ареал — еврейские общины Литвы, Латвии и Белоруссии, особенно в окрестностях Шяуляя, Паневежиса и Даугавпилса. Это сразу подсказывает, что перед нами фамилия-топоним, образованная от названия местечка.

Самая вероятная основа — Липшаны (Lypšiai, Липшай), деревня или хутор на территории современной Литвы. В XIX — начале XX века, когда еврейское население Российской империи получило обязательные фамилии, многие брали их по месту жительства. Человек из Липшан становился Липшаном. Суффикс -ан в этой модели действует как указатель на принадлежность к местности: ср. похожие фамилии Ковшан (от Ковша), Шкловер (от Шклов). Окончание не типично для славянских фамилий, что подтверждает её балто-еврейское происхождение.

Менее вероятная, но возможная версия — от личного имени Липа (уменьшительное от Липаз, Липман) с добавлением суффикса -шан, но это скорее исключение, чем правило. В пользу топонимической гипотезы говорит и то, что в той же Прибалтике встречаются фамилии Липш, Липше, Липшене — все они ведут к одному корню, названию населённого пункта.

По сословию предки Липшанов — почти наверняка мещане или ремесленники. В местечках Литвы еврейское население занималось мелкой торговлей, сапожным, портняжным делом. Никаких документальных свидетельств о дворянском происхождении этой фамилии нет, и искать их не стоит. Фамилия осталась локальной, не разошлась широко по России, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы носите фамилию Липшан, ваши корни почти наверняка ведут в одно из местечек северо-западного края бывшей Российской империи.