Фамилия Лишек — одна из тех, где за простым звучанием скрывается неочевидная история, и география её бытования подсказывает главную версию. Встречается она преимущественно в западных и юго-западных регионах бывшей Российской империи — на территории современной Украины, Беларуси и в Польше. Эта привязка сразу указывает на то, что перед нами, скорее всего, не великорусская фамилия, а западнославянская или украинская по происхождению.

Основа фамилии — «лиш-» — может иметь два значения, и оба ведут к прозвищу. Первое и самое прямое — от слова «лишний». В старину так могли назвать третьего, четвёртого или «лишнего» ребёнка в семье, которого не ждали или который родился, когда, по крестьянским меркам, детей уже хватало. Подобная модель встречается у многих славянских фамилий (Нечай, Ненаш, Лишний). Второе, более редкое значение — от диалектного польского или украинского «лишок» (излишек, остаток). В этом случае прозвище мог получить человек, который, например, подбирал оставшееся после жатвы зерно, или же просто неряха, у которого всего было с избытком.

Суффикс «-ек» указывает на уменьшительную или принадлежную форму. В польской и украинской традиции -ек — это не столько «сын», сколько ласкательный или уменьшительный вариант. То есть Лишек — это «маленький Лишко» или «сын Лишка». Если бы фамилия формировалась по великорусской модели, мы бы увидели «Лишков». Но суффикс -ек, а не -ов, чётко маркирует её как западнославянскую или украинскую. Можно провести параллель с однокоренными фамилиями: Лишко, Лишняк, Лишень — все они образованы от того же корня и распространены в тех же краях.

Есть и более редкая версия, которую не стоит сбрасывать со счетов. В некоторых польских говорах «lis» (лис) могло произноситься с мягким шипящим, и фамилия Лишек могла быть вариантом фамилии Лисек (Liszek) — то есть «лисёнок», «маленький лис». Однако это менее вероятно, так как в таком случае мы бы чаще встречали написание через «и» (Лишек/Лисек), а не через «ы» в корне. В любом случае, носитель фамилии Лишек, скорее всего, происходит из семьи, где предка выделили по какому-то «излишку» — будь то лишний ребёнок или лишнее имущество, а по сословию это были крестьяне или мещане западных губерний.