Фамилия Лишенков образована от мирского имени Лиша, которое в южных говорах давали ребёнку с охранительной целью: так называли Лешего. Славяне верили, что имя в честь языческого духа отведёт от сына зло и убережёт от сглаза. Надеясь вырастить здорового мальчика, родители нарекали его Лиша — считалось, что злые силы не тронут того, кто уже носит их имя.

Леший, или лесовик, в восточнославянской мифологии — хозяин леса и зверей, враждебная человеку сила. Его представляли в звериной шкуре, иногда с рогами или копытами; он мог менять рост — становиться ниже травы или выше деревьев. В быличках Леший пугал людей смехом, уводил детей, сбивал с пути. Чтобы защититься от него, уведённый человек не должен был ничего есть или носить с собой лутовку — очищенный от коры кусок липы, а также переворачивать стельки в обуви.

Сама фамилия строится по типичной для русского юга модели: к основе Лиш- добавляется суффикс -енк-, который в украинских и южнорусских говорах указывал на потомка («маленький», «сын»), а затем родовое окончание -ов. Таким образом, Лишенков — буквально «сын Лиши». Эта словообразовательная цепочка роднит фамилию с такими же охранительными именами, как Ненаш, Неждан или Злоба, которые тоже давали детям для обмана нечистой силы.

Стоит отметить, что в северных и центральных областях России имя Лиша могло быть формой от канонического имени Галактион (в просторечии — Ликша, Лиша) или от греческого Елисей. Однако для южнорусского ареала, где фамилия Лишенков встречается чаще всего, версия с мифологическим корнем выглядит убедительнее: она объясняет и «охранительную» мотивацию, и устойчивую связь с местными диалектными названиями лешего.