Фамилия Лишенкова — женская форма фамилии Лишенков, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом. Сама фамилия Лишенков образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — сын или потомок Лишенка. В основе лежит прозвище или некалендарное имя Лишенок.

Корень в этом прозвище — «лих-», который в древнерусском языке имел значение «злой, лихой, удалой, смелый, а также (в некоторых диалектах) — чрезмерно ретивый или даже колдун». Слово «лихо» означало и зло, беду, и удаль, молодечество. Суффикс -енок (-онок) в восточнославянских говорах (особенно характерных для северных и центральных областей России) часто образовывал прозвища молодых людей или детей: по отцу, по занятию, по характерной черте. Таким образом, Лишенок — это «маленький лихой человек» или «сын Лихого». Со временем прозвище закрепилось как фамильное имя.

Интересная деталь: в документах XVI–XVII веков встречаются прозвища Лихой, Лихач, Лихан, а также Лишенок. Фамилии с основой «Лих-» широко распространены, но форма с суффиксальным -енок встречается реже, чем, например, Лихачев или Лихов. Это делает Лишенковых носителями более редкой словообразовательной модели: прозвище сначала «уменьшили» суффиксом, а затем уже добавили фамильный суффикс принадлежности.

Географически фамилия Лишенков (и Лишенкова) фиксируется преимущественно в центральных и северных регионах России: в Вологодской, Костромской, Ярославской, а также в Пермской областях. Это подтверждает, что прозвищная модель на -енок была особенно жива именно в этих говорах. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или посадским людям, так как фамилии на -ов/-ев в этих слоях населения закрепились в основной массе к XVIII–XIX векам. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не зафиксировано.

Версия, что фамилия могла произойти от слова «лишённый» (то есть обделённый, бедный), маловероятна. Слово «лишённый» — церковнославянского происхождения и в народную прозвищную среду вошло поздно, а суффикс -енок для него нехарактерен. Ударение в фамилии — на первый слог: Ли́шенкова, что также указывает на древнюю основу «лихо», а не на причастие «лишённый».