Фамилия Лисничек — редкий случай, когда прозвище сохранилось почти без изменений, не обросло стандартными патронимическими суффиксами. Она образована напрямую от слова «лисничек» — так в юго-западных говорах (украинских, белорусских, польских) называли лесничего или работника в лесу. В отличие от великорусского «лесник», форма с «и» и суффиксом -ич-/-ик выдает западнорусское или польское происхождение: польское leśniczy и украинское лісничий дали в народном произношении «лисничек».

Фамилия могла закрепиться за человеком, который служил лесным объездчиком, охранял угодья или жил при лесничестве. В Речи Посполитой должность лесничего была четко регламентирована, и прозвища такого типа часто передавались по наследству, особенно среди крестьян и мелкой шляхты, которые имели дело с лесным хозяйством. Версия о связи с лисой (зверем) маловероятна: для прозвища «хитрый, как лиса» использовали бы основу Лис- с суффиксами -ов, -ин, -енко, а не -ничек.

Словообразовательная модель здесь нестандартная для русских фамилий: окончание -ек указывает на уменьшительную или профессиональную форму, а не на принадлежность роду. В антропонимике такие фамилии называют «прозвищными» — они фиксируют занятие или качество самого первого носителя. Поскольку суффикс -ик/-ек в восточнославянских фамилиях редок (чаще встречается у поляков и белорусов), Лисничек — скорее всего, фамилия из западных регионов бывшей Речи Посполитой: современной Беларуси, Украины или Подляшья.

Сравните с однокоренными: Лисничий, Лесничий, Лисник, Лесник. Лисничек стоит особняком — он не склонялся к патрониму и не перешел в форму на -ов, а донес до нас исходное прозвище почти в том виде, в каком его дали предку.