Фамилия Лисниченко образована по типичной украинской модели с патронимическим суффиксом -енко, который означает «сын» или «потомок». Буквально — «сын Лисния» или «потомок того, кого звали Лисний».

Корень этой фамилии — прозвище Лисний, и у него есть как минимум три объяснения, и все они ведут в разные стороны.

Первая версия — географическая. Озеро Лисно находится на севере Белоруссии, в Витебской области. Оно входит в систему реки Дрысы (приток Западной Двины). Если основатель рода жил на берегу этого озера или в окрестностях, его могли прозвать по месту жительства — Лисний. Такие прозвища, привязанные к водоёму, не редкость в белорусском и украинском пограничье.

Вторая версия — от украинского глагола «лисніти» — «блестеть, сиять, лосниться». В этом случае прозвище Лисний могло указывать на внешность: опрятный, чистоплотный, ухоженный человек. Либо на характер: жизнерадостный, «сияющий», удачливый. Такие прозвища часто давали в насмешку или с добрым пожеланием.

Третья версия отсылает к белорусскому слову «лісьнік» — паслён, травянистое растение из семейства паслёновых. В народной традиции имя по растению давали с охранительной целью: считалось, что природа примет ребёнка как «своего» и передаст ему полезные свойства. Прозвище Лисний в этом смысле — пожелание здоровья и связи с землёй.

Из этих трёх версий наиболее правдоподобной выглядит первая — топонимическая. Озеро Лисно — конкретный, хорошо известный объект, и фамилия Лисниченко могла возникнуть именно в том регионе, где это название бытует. Глагольная и растительная версии возможны, но они менее привязаны к реальной географии фамилии.

Суффикс -енко указывает, что фамилия сформировалась в среде украинского или украинизированного населения. Встречается она преимущественно на востоке Украины и в южных областях России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках.