Фамилия Лисничук образована по украинской модели: суффикс -чук указывает на «сына» или «потомка» человека, которого звали Лисний. То есть Лисничук — буквально «маленький Лисний» или «сын Лисного». Такая модель типична для западных и центральных областей Украины, а также для юга Беларуси, где фамилии на -чук встречаются особенно часто.

Само прозвище Лисний — предмет спора среди ономастов, и у него есть как минимум три версии происхождения. Самая географически конкретная связывает его с озером Лисно в Витебской области Беларуси. Это довольно крупный водоём на севере республики, относящийся к системе реки Дрысы (правый приток Западной Двины). Озеро славится рыбой и раками, поэтому человек, живший на его берегу, мог получить прозвище по месту жительства — «Лисний» в значении «озёрный, лисновский». Если эта версия верна, то корни фамилии уходят в Верхнедвинский район.

Вторая версия — от украинского глагола «лиснiти» (блестеть, сиять, лосниться). В этом случае прозвище Лисний давали человеку опрятному, чистоплотному, с блестящей одеждой или кожей. Либо, в переносном смысле, — весёлому, «сияющему» счастьем. Такая мотивировка встречается у многих славянских прозвищ, образованных от глаголов со значением «блеск».

Третья, менее распространённая гипотеза, отсылает к белорусскому слову «лісьнік» — паслен (травянистое растение). В народной традиции прозвища по названиям растений иногда давали детям как обереги: считалось, что имя растения «привяжет» ребёнка к природе и передаст ему жизненную силу или целебные свойства. Впрочем, эта версия выглядит слабее двух первых: фамилии от «паслёна» почти не встречаются в документах, тогда как гидронимические и глагольные корни для прозвищ типичны.

Из-за суффикса -чук фамилия Лисничук скорее всего сформировалась на украинской или белорусско-украинской этнической границе. В польских или великорусских землях её бы записали как Лисницкий или Лиснев. В написании возможны варианты: Лисничук, Лиснычук, Лиснечук — в зависимости от местного произношения и записи в метриках.