Фамилия Лисяковы — одна из тех, где за привычным окончанием скрывается прозвище, а не крестильное имя. Её основа — Лисяк, и почти наверняка это мирское имя, данное по животному — лисе. В древнерусской традиции такие имена были не обидными, а обережными: называя ребёнка Лисяком, родители «прятали» его от злых сил, показывая природе, что он свой, и заодно надеялись перенять у зверя его ключевые черты.

Какие именно черты — вопрос. Лиса в народном сознании фигура двойственная. С одной стороны, хитрость и коварство: «Лиса и во сне кур у мужика в хлеве считает», «Где я лисой пройдусь, там три года куры не несутся». С другой — смекалка и умение выпутываться из беды, качества в крестьянском быту не менее ценные. Поэтому Лисяком могли прозвать и льстеца, и просто сметливого человека, который себе на уме. Поговорка «Кто попал в чин лисой, будет в чине — волком» намекает, что прозвище могло даваться и взрослому, уже проявившему характер.

Есть и менее очевидная версия, которую ономасты обычно считают вторичной. В некоторых говорах «лисый» означало «лысый» или «желтый». Отсюда Лисяком могли назвать светловолосого, рыжеватого человека — по цвету лисьей шерсти. Эта версия слабее, потому что основное значение слова «лисый» всё же связано с лисой, а не с лысиной или желтизной, но полностью исключать её нельзя: прозвища по цвету волос встречаются сплошь и рядом.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: Лисяк → Лисяков, то есть «сын Лисяка». Таких фамилий, ведущих начало от названий животных, в России множество — Волков, Зайцев, Медведев, Лисов, Лисицын. Лисяковы стоят в этом ряду, но с той разницей, что в основе не прямое «лиса», а уменьшительная или прозвищная форма, что встречается реже.

Точное место и время возникновения фамилии установить сложно — процесс шёл несколько столетий, и одна и та же фамилия могла независимо появиться в разных губерниях. Но ясно, что Лисяковы — это не поздняя книжная фамилия, а живое прозвище, закрепившееся в документах. В ней слышен и говор, и народное отношение к хитрому зверю, и древний обычай называть детей не по святцам, а по тому, что видели вокруг.