Фамилия Лизенков, вероятно, ведет свое начало от имени Лиза, которое представляет собой просторечную форму мужского имени Елизар. В переводе с древнееврейского оно означает "Бог помог". По другой версии, данная фамилия образована от прозвища Лиза, которое, вероятно, происходит от нарицательного «лизун». Со временем, вероятно, род Лизенко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов.