Фамилия Лизенков по своему происхождению делится на две части: корень и суффикс. Корень «Лизен-» указывает на прозвище или имя предка, а суффикс «-ов» — на типичную русскую модель образования фамилий, означающую «принадлежащий кому-то» (буквально «сын Лизенка»).

Самая вероятная версия связывает фамилию с мужским именем Елизар (в переводе с древнееврейского — «Бог помог»). Его просторечная, сокращенная форма — Лиза — и стала основой. Сначала от имени Лиза образовали прозвище или полуотчество Лизенко (по украинской или белорусской модели на «-енко», что значит «маленький» или «сын»). Когда носитель такой фамилии переехал в великорусские земли, её «русифицировали», добавив стандартный суффикс «-ов»: так Лизенко превратился в Лизенкова.

Есть и альтернативное объяснение, хотя оно менее распространено. Фамилия могла произойти от прозвища Лиза, данного человеку, который имел привычку облизываться или часто лизал что-то. В этом случае прозвище связано с глаголом «лизать» и существительным «лизун». Однако эта версия уступает первой по убедительности: имя Елизар было широко распространено в старину, и его производные формы дали жизнь многим фамилиям (например, Лизин, Лизунов).

Таким образом, предок современных Лизенковых, скорее всего, носил имя Елизар, а в быту его звали Лиза, а сына — Лизенко. После переселения семьи в центральные или северные области России фамилия обрела привычное окончание «-ов» и закрепилась в такой форме.