Фамилия Лизенкова — типичный пример «материнской» фамилии, образованной по модели, которая в русской ономастике встречается реже, чем отчества от мужских имён. Суффикс -ов со значением принадлежности присоединён не к мужскому, а к женскому имени Лизенка. Это уменьшительно-ласкательная форма от имени Лиза (Елизавета). В крестьянской среде, где женщина нередко вела хозяйство одна или была главой дома после смерти мужа, детей могли записывать по матери — «Лизенковы», то есть «чьи? — Лизенкины». В официальных документах XIX века такие фамилии часто закреплялись за внебрачными детьми или в семьях, где мать пользовалась особым авторитетом.

Сама основа Лизенка — характерный для русских говоров суффикс -енк-, который придаёт имени оттенок ласки или принадлежности к младшему поколению (ср. Машенка, Катенка). В украинской и южнорусской традиции этот суффикс также мог указывать на ребёнка: Лизенко — «маленькая Лиза» или «дитя Лизы». Таким образом, фамилия Лизенкова буквально значит «потомок той, кого звали Лизенкой».

Географически фамилия тяготеет к южным областям России и востоку Украины — Курской, Белгородской, Воронежской, а также к Ростовской области. Встречается она и в Поволжье, куда переселенцы из чернозёмных губерний принесли свой говор и модели фамилий. В северных и центральных регионах России такая форма почти не фиксируется: там предпочли бы Лизунов или Елизаветин.

Интересная деталь: в дореволюционных метрических книгах можно встретить написание Лизенкова с одной буквой «н» — Лизенкова. Это не ошибка, а отражение живой речи: суффикс -енк- в безударной позиции на слух не отличался от -енк-. Двойное «н» закрепилось позже, под влиянием книжного написания фамилий на -енков.

Род занятий предков-носителей фамилии, скорее всего, был связан с земледелием или ремеслом — дворянских родов Лизенковых в истории не отмечено. Фамилия не даёт подсказок о профессии, но чётко говорит о семейной истории: основательницей рода была женщина по имени Елизавета, которую в кругу близких звали Лизенкой.