Фамилия Лизенкин строится по редкой для русских фамилий модели. Суффикс -кин обычно указывает на принадлежность: «чей?» — Лизенкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Лизенка. Но если бы исходная форма была Лизенко, мы бы ждали фамилию Лизенков. Здесь же — -кин, что наводит на мысль об основе, оканчивающейся на -а: Лизенка. Такое имя или прозвище могло звучать как уменьшительное от Лизун, Лизень или даже от женского имени Елизавета в просторечной форме Лизеня.

Вероятнее всего, в основе лежит прозвище Лизенка, данное человеку с привычкой облизываться, либо тому, кто работал с чем-то жидким или скользким — например, на маслобойне или с рыбой. В северных и центральных говорах «лизать» имело и переносное значение: льстить, подлизываться. Так что Лизенкой могли прозвать угодливого или слащавого человека. Фамилия эта не из частых, и её география, скорее всего, привязана к центральным областям России или Поволжью, где суффикс -кин в отчествах был особенно активен.

Интересно, что фамилия Лизенкин не фиксируется в старых боярских списках или дворянских родословных. Это указывает на позднее возникновение, скорее всего в среде крестьян или мещан после отмены крепостного права, когда фамилии массово оформлялись по отчеству. Если сравнить её с однокоренными — Лизунов, Лизин, Лизенков — видно, что Лизенкин стоит особняком: в ней нет суффикса -ов, типичного для прозвищ на согласный, зато есть редкий для такой основы -кин, что делает её своеобразным маркером конкретного говора или семейной традиции.