Фамилия Лобаторина — женская форма, в основе которой лежит довольно редкое прозвище Лобаторя. Судя по строению, прозвище появилось в украинской или южнорусской среде: там прилагательное «лобатий» означало «человек с большим, широким лбом». Лоб в народной культуре связывали не только с внешностью, но и с умом, смекалкой. Поэтому Лобаторей могли назвать и крепкого мужчину с выдающейся внешностью, и догадливого, сообразительного человека.

Есть и вторая, менее очевидная версия: прозвище могли сложить из двух слов — «лоб» и глагола «торить» (прокладывать борозду, тропу). Тогда Лобаторя — это «тот, кто прокладывает дорогу лбом», то есть добивается всего собственным умом и упорством. Обе трактовки сходятся в одном: прозвище подчёркивало не столько физический недостаток, сколько характер и склад ума.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Лобатор- добавили русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Лобатори). Со временем окончание -а закрепило женскую форму. В документах фамилия встречается редко, но не единично. Например, в источниках упомянут Михаил Сергеевич Лобаторин, родившийся в 1885 году в деревне Клиники Пушкинского района Московской области. Эта запись показывает, что носители фамилии жили не только на юге, но и в центральной России.