Фамилия Лобнер — одна из тех, что указывает на географическое происхождение предка. Её основа — немецкое прозвище, которое давали человеку, переселившемуся из определённого места. Скорее всего, речь идёт о городе Лёбен (Löben) или Лёбау (Löbau), оба находятся в Восточной Германии. Выходца оттуда в землях, где говорили по-немецки, могли прозвать Löbener — «тот, кто из Лёбена». Со временем это прозвище закрепилось как фамилия и в таком виде, без адаптации под славянскую словообразовательную модель, перешла в русский обиход.

Фамилия Лобнер не имеет в своём составе типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), что прямо указывает на её иноязычное происхождение. Это так называемая «чистая» основа — прозвище или фамилия, заимствованная целиком. Такие фамилии встречаются в семьях, где предок был иностранцем или жил в среде немецких колонистов, например, в Поволжье или на юге Российской империи. В отличие от фамилий, образованных от прозвищ по профессии или внешности, Лобнер не говорит о занятиях или чертах характера — он хранит память о конкретном географическом топониме.