Фамилия Лобынцева восходит, вероятно, к названию реки Лобни, которая протекает в Московской области. Само название реки происходит от балтийского loba, lobas – «долина, русло реки». Менее вероятно, что прозвище Лобынец получил житель города Лобня, стоящего на этой реке. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Лобынец, со временем получил фамилию Лобынцева.