Фамилия Лабынцева женская, а её мужской вариант — Лабынцев. В основе лежит прозвище Лабынец, которое, скорее всего, дали сыну человека с прозвищем Лабан или Лабын. Суффикс -ец в белорусских и западнорусских говорах часто имел уменьшительное или «сыновье» значение: Лабынец — буквально «маленький Лабан» или «сын Лабана».

Само прозвище Лабан восходит к белорусскому нарицательному «лабан» — «лобач, человек с большой головой». В старину лобаном (а также лобуном, лабаном и лобачом) называли не только большелобого, но и крупного, крепкого человека. Нередко такое прозвище давали тому, кто отличался смекалкой, догадливостью или большими знаниями — считалось, что большой лоб вмещает большой ум.

Фамилия Лабынцева — типично восточнославянская, образованная по модели «прозвище + -ец + -ев(а)». Модель не самая частая: суффикс -ев присоединялся к основам на -ец, давая фамилии вроде Лабынцев, Глинцев, Борцов. Женская форма Лабынцева закрепилась в документах как фамилия жены или дочери Лабынцева.

Географически фамилия тяготеет к белорусско-русскому пограничью: Смоленщина, Брянщина, Псковщина, а также восток Беларуси (Витебская, Могилёвская области). В этих краях слово «лабан» бытовало в живой речи, а фамилии на -ынцев/-инцев встречаются чаще, чем в центральной России.

Важно не путать Лабынцеву с фамилией Лабынцев, образованной от топонима Лабынцы (если такое село существовало). В данном случае прозвищное происхождение убедительнее: слово «лабан» зафиксировано в словарях, а географическая привязка для этой фамилии не прослеживается. Таким образом, предки Лабынцевых — люди, получившие прозвище за стать или сметливость, а их дети и внуки закрепили его как родовое имя.