Фамилия Лабынцевы образована от прозвища Лабынец — так в старину могли назвать сына человека по прозвищу Лабан (или Лабын). Суффикс -ец здесь имеет уменьшительное значение: Лабынец — «маленький Лабан», то есть «сын Лабана». Такая модель типична для русских фамилий, где суффикс -ец сначала указывал на родство, а затем закрепился в фамилии с помощью патронимического суффикса -ев: Лабынцев — «чей?» — «сын Лабынца».

Само прозвище Лабан восходит к белорусскому «лабан» — «лобач, человек с большой головой». В старину лобаном (а также лобуном, лабаном и лобачом) называли не только большелобого, но и крупного, крепкого человека. Нередко такое прозвище давали тому, кто отличался смекалкой, догадливостью или большими знаниями. То есть прозвище могло указывать как на внешность, так и на умственные способности.

Фамилия Лабынцевы — редкий пример, где основа не от имени, а от прозвища, которое перешло на потомка через двойную ступень: сначала уменьшительную форму (Лабынец), затем фамильный суффикс. Это отличает её от более распространённых фамилий на -ов, образованных напрямую от прозвища или имени.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и белорусским землям — именно там слово «лабан» бытовало в живой речи. О точном месте и времени возникновения фамилии Лабынцев сейчас говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был длительным. Тем не менее, фамилия Лабынцевы сохранила в себе и редкую словообразовательную модель, и живое народное прозвище, что делает её заметным памятником славянской культуры.