Фамилия Лодяковы образована по типичной восточнославянской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «сын Лодяка» или «из рода Лодяка». Основа фамилии — прозвище Лодяк, и его происхождение неоднозначно.

Первая версия связывает прозвище с украинским словом «лодя» — «вымощенное место под внешним колесом водяной мельницы». Если это так, то Лодяком могли называть помощника мельника или человека, работавшего с мельничным механизмом. Такое прозвище закреплялось за конкретным занятием и переходило к детям как фамильное имя.

Вторая версия ведет этимологию от древнерусского «лодия» (или «лодья») — «ладья, большая лодка». В этом случае Лодяк — прозвище мастера, строившего или ремонтировавшего суда. Судостроение было важным промыслом на реках Русского Севера, Волге и Днепре, поэтому фамилия с такой основой могла возникнуть в разных регионах независимо.

Обе гипотезы правдоподобны, но первая (мельничная) встречается в ономастике реже, что делает её более специфичной. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) основа «Лод-» обычно связывается с водным транспортом, но украинский диалектный корень «лодя» не стоит сбрасывать со счетов — он мог бытовать в юго-западных губерниях Российской империи.

Фамилия Лодяков фиксируется в документах преимущественно на территории бывшей Черниговской губернии и в Поволжье. Это говорит о том, что разные ветви рода могли не знать друг о друге, а прозвище возникало в разных местах независимо. Однозначно определить, кем был первый Лодяк — мельником или судостроителем, — можно только по конкретной семейной истории: метрическим книгам, ревизским сказкам или писцовым записям.