Фамилия Лондяков — один из тех редких случаев, когда основа слова неочевидна, а суффикс даёт ключ к разгадке. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования от отчества или прозвища: Лондяк — Лондяков, то есть «сын (или потомок) Лондяка». Вопрос упирается в то, что такое «Лондяк».

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «лондать» или «лондырить», который в ряде говоров (особенно северных и сибирских) означал «шататься без дела», «слоняться», «бродить праздно». В таком случае Лондяк — прозвище человека медлительного, нерасторопного или любителя побездельничать. Подобные прозвища по характеру или поведению были массовыми в крестьянской среде, и фамилии от них образовывались легко и естественно. Сравните с однокоренными, хоть и редкими, фамилиями Лондырев, Лондышев.

Менее распространённая, но не исключённая гипотеза — связь с географическими названиями. На карте России встречаются топонимы вроде реки Лондь или урочища Лондя, хотя они единичны и не образуют устойчивого гнезда. В таком случае основа могла быть перенесена на человека по месту жительства: «выходец с Лонди». Однако для этой версии нет убедительных исторических свидетельств, и она уступает прозвищной по частоте встречаемости подобных моделей в русской ономастике.

Важно, что фамилия не имеет отношения ни к Лондону, ни к каким-либо западноевропейским корням. Это чисто русская, диалектная по происхождению фамилия, скорее всего, из северных или центральных губерний. В дореволюционных списках она встречается редко, что подтверждает её локальный характер. Носителям фамилии стоит искать корни предков в среде крестьян-земледельцев или ремесленников, где прозвища давались без обиняков и закреплялись в документах как родовые имена.