Логун – это производные формы имен Лонгин и Логгин. Существует также другая гипотеза, согласно которой Логунова представляет собой фонетический вариант фамилии Лагунова, возникший под влиянием «окающих» говоров. В таком случае фамилия образована от прозвища Лагун. Маловероятно, что оно восходит к итальянскому слову lagun, которое означает «озеро морской воды, озеро или ковш (залив с узким перехватом), отделенный от моря». Скорее всего, прозвище происходит от созвучного слова «лагуна» — «бочка, бочонок». Вероятно, Лагуном называли того, кто мастерил бочки для различных хозяйственных нужд. Не исключено, что прозвище Лагун мог получить толстый, неповоротливый человек. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Логун, со временем получил фамилию Логунова. Среди наиболее известных однофамильцев – Логунов Анатолий Алексеевич (р. 1926), советский физик-теоретик, академик АН СССР.