Фамилия Логуновы, как и большинство русских фамилий, образована от личного имени или прозвища. В её основе лежит имя Логун — это просторечная, обиходная форма церковных имён Лонгин и Логгин. Оба имени латинского происхождения: Лонгин переводится как «долгий», а Логгин — как «высокий». Таким образом, имя могло указывать на рост или телосложение человека.

Есть и другая, не менее интересная версия. Фамилия Логунов могла возникнуть как фонетический вариант фамилии Лагунов. В «окающих» говорах (характерных для северных и некоторых центральных областей России) звук «а» в безударной позиции произносили как «о». Поэтому Лагун превратился в Логуна. В этом случае фамилия отталкивается от прозвища Лагун. Слово «лагуна» в русских говорах означало не морской залив, а бочку или бочонок. Лагуном называли бондаря — мастера, который делал бочки для хозяйства. Менее вероятно, что прозвище давали за внешность: «лагун» могли сказать о толстом, неповоротливом человеке. Версия о связи с итальянским словом lagun (озеро, лагуна) выглядит надуманной — в русской среде такое прозвище было бы неорганичным.

Что характерно, фамилия Логуновы не имеет одного-единственного центра происхождения. Она встречается и на севере, где «окали», и в центральных областях. Процесс формирования фамилий был долгим, и точно определить, когда именно Логуновы появились на свет, сложно. Но ясно одно: фамилия эта — живой след языка, в котором переплелись и церковная традиция, и народная фонетика, и бытовые прозвища по ремеслу.