Фамилия Логуненко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в восточнославянской ономастике, изначально означал «маленький», «сын» или «потомок». То есть Логуненко — это буквально «сын Логуна» или «маленький Логун». Такие фамилии массово закрепились на территории современной Украины в XVI–XVII веках, особенно среди казачества и крестьянства, и стали наследственными.

В основе фамилии лежит прозвище или неканоническое имя Логун. Его происхождение неочевидно, и здесь есть несколько версий. Самая вероятная связывает Логуна с диалектным глаголом «логать» или «логунить» — в некоторых южнорусских и украинских говорах это означало «громко кричать», «реветь» или «петь». Такое прозвище могли дать обладателю зычного голоса или крикливому, шумному человеку. Менее распространённая гипотеза возводит основу к слову «лог» — овраг, низина, луг. В этом случае прозвище Логун могло указывать на место жительства: «живущий у лога». Однако первая версия, связанная с характером или поведением, выглядит более убедительной, так как в прозвищах чаще отражались личные качества, а не топография.

Интересно, что фамилия Логуненко встречается не только на Украине, но и в южных регионах России, особенно в Ростовской области, Краснодарском крае и на Кубани. Это объясняется историческими миграциями запорожских казаков после ликвидации Запорожской Сечи в конце XVIII века. Многие носители фамилий на -енко переселялись на Кубань и Дон, где их потомки живут до сих пор.

Фамилия не относится к дворянским или аристократическим — её носителями были в основном казаки, крестьяне и мещане. В дореволюционных документах можно встретить варианты написания: Логуненко, Логуненков (русифицированная форма), а иногда и Логуненко с ударением на второй слог. Современное ударение чаще всего падает на третий слог: Логунéнко.