Фамилия Логуненок — редкий случай, когда суффикс сам рассказывает историю. Окончание -енок (а не привычные -ов или -ин) прямо указывает на географию и способ образования. Такая модель характерна для восточнославянских, прежде всего белорусских и украинских, фамилий, где суффикс -енок (или -ёнок) означал «сын» или «потомок». Логуненок — буквально «сын Логуна».

В основе лежит прозвище Логун. Тут возможны два корня, и оба ведут в народную речь. Первый, самый прямой: логун — это слово, бытовавшее в южных и западных говорах для обозначения деревянного сосуда, кадки, бочонка. Так могли прозвать бондаря — мастера по изготовлению бочек, либо полного, плотного человека, которого сравнивали с кадушкой. Второй вариант: логун — производное от «лог» (овраг, низина). Тогда прозвище давали тому, кто жил в низине или у оврага.

Фамилия Логуненко (с окончанием -ко) встречается гораздо чаще и широко известна на Украине. Форма Логуненок — более редкая, она могла закрепиться у носителей, которые оказались в зоне влияния белорусской или западнорусской ономастики. В писцовых книгах и ревизских сказках XVII–XVIII веков такие «сыновьи» фамилии часто не были наследственными в современном смысле: Логуненком называли сына Логуна, а внук мог писаться уже по-другому. Фамилия застыла, когда имя отца или деда перестало меняться от поколения к поколению.

Не стоит искать в этой фамилии дворянские корни — это типичная крестьянская или ремесленная фамилия. Её носители в большинстве своём были людьми «низового» сословия, жившими на территории современных Беларуси, Смоленщины, Брянщины или Черниговщины. Сравните с однокоренными: Логунов (русская форма), Логуненко (украинская), Логун (прозвище, ставшее фамилией). Все они — от одного корня, но суффикс -енок выдает именно западнорусскую или белорусскую ветвь рода.