Фамилия Ломиногина образована от мужской формы Ломиногин — и это тот редкий случай, когда разбор суффикса сразу даёт ключ к географии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ломиногин — «сын Ломиноги». А вот сама основа «Ломинога» — это не имя, а прозвище, и в нём слышны два корня: «ломить» (ломать, гнуть) и «нога». Такие составные прозвища на Руси давали не просто так.

Вероятнее всего, Ломиногой называли человека с необычной походкой или физическим изъяном ног: косолапого, хромого, того, кто «ломит ноги», то есть идёт тяжело, неловко, с усилием. В русских говорах слово «ломить» часто означало «гнуть, клонить, ломать», поэтому прозвище могло закрепиться за тем, кто подворачивал ступню или имел кривые ноги. Менее правдоподобная версия — что прозвище связано с работой: ломом или тяжёлым инструментом по ногам, но это уже натяжка.

По модели образования фамилия типична для северных и центральных областей России (Архангельская, Вологодская, Костромская губернии), где суффикс -ин в отпрозвищных фамилиях был нормой. В южных регионах чаще встречались бы варианты на -ов (Ломиногов), но здесь мы видим именно «северный» след. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян с прозвищем Ломинога — например, в переписных книгах по Устюжскому уезду, где фиксировали «Ломиногу Ивашку» или «Ломиногу Федьку». Позже, при переходе прозвища в фамилию, потомки стали писаться Ломиногиными.

Фамилия редкая, не входит в списки массовых русских фамилий, и это говорит о том, что род, скорее всего, происходил из одного или двух соседних сёл. Ломиногины — не дворяне и не купцы, а крестьяне или посадские люди, чьё прозвище закрепилось за семьёй без изменений. В современной России фамилия встречается точечно, преимущественно в Вологодской и Кировской областях, что подтверждает её севернорусские корни.

Однокоренные фамилии — Ломоносов (от «ломонос» — человек с разбитым носом) и Ломов (от «лом» — лом, инструмент или прозвище силача). Ломиногин стоит в этом ряду как пример прозвища, описывающего внешний признак, а не занятие.