Фамилия Лопон — редкий случай, когда основа, скорее всего, не имеет славянских корней, а восходит к географическому названию или прозвищу из языков финно-угорской группы. Самая прямая версия: перед нами вариант фамилии Лопин или Лопатин, но с усечением суффикса и изменением конечного звука под влиянием местного говора. Однако гораздо интереснее предположить, что «Лопон» — это «человек из Лопы». На карте России есть несколько топонимов с таким названием, например, река Лопа (приток Вятки) или деревня Лопа в Кировской области. В таком случае фамилия образована по редкой модели: от названия реки или села с помощью суффикса -он, который в русских фамилиях почти не встречается, зато характерен для прибалтийско-финских языков (сравните с фамилиями на -онен, -анен). Это указывает на вероятное происхождение рода с северо-запада России или из Карелии, где такие окончания не редкость.

Вторая гипотеза связывает фамилию с прозвищем от диалектного слова «лопа» — так в некоторых говорах называли неуклюжего, неловкого человека или, наоборот, большую широкую ладонь (отсюда же «лопата»). Если прозвище «Лопон» дали человеку с широкими руками или тяжелой походкой, то фамилия по сути ничем не отличается от более распространенной Лопин, просто сохранила архаичную форму. Важный нюанс: окончание -он не является русским патронимическим суффиксом (как -ов или -ин), поэтому фамилия не могла образоваться от имени Лопа напрямую по стандартной схеме «чей сын». Это дополнительный аргумент в пользу того, что основа — не личное имя, а топоним или заимствованное слово.

С точки зрения словообразования фамилия Лопон стоит особняком. В русской ономастике суффикс -он встречается в основном в фамилиях польского или украинского происхождения (типа Ковальон, Дзюбон), но для великорусских земель он нетипичен. Возможно, перед нами результат адаптации карельской или вепсской фамилии, где -он — это уменьшительный суффикс. Например, карельское слово «lopo» (конец, край) с суффиксом -n могло обозначать «живущий на краю деревни». В любом случае, носитель фамилии Лопон может с высокой вероятностью искать свои корни в северных регионах — Вологодчине, Архангельской области или Карелии, где смешение славянского и финно-угорского населения оставило много таких необычных фамилий.