Фамилия Лопотин образована от прозвища Лопота. В русских говорах «лопотать» — говорить невнятно, быстро, бормотать, тараторить. Человека с такой речью и могли прозвать Лопотой, а его потомки стали Лопотиными. Модель образования простая и типичная для русских фамилий: основа на -а (Лопота) плюс притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Лопоты).

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «лопот» — лоскут, отрепье. В этом случае прозвище Лопота могло относиться к бедно или неряшливо одетому человеку. Обе версии укладываются в логику русской ономастики, где прозвища часто давались по внешним признакам или особенностям поведения.

Фамилия встречается преимущественно в центральных и северных областях России — в старых переписных книгах по Вологодской, Костромской и Вятской губерниям Лопотины фиксируются с XVII века. Это говорит о том, что фамилия сложилась в среде крестьянского и посадского населения, а не в дворянской среде.

Однокоренные фамилии — Лопотов, Лопатников, Лопатин — имеют разные основы. Лопотов, скорее всего, от того же «лопотать», но с другим суффиксом (-ов вместо -ин). Лопатин — от слова «лопата», а Лопатников — от названия ремесла (лопатник, мастер по изготовлению лопат). Лопотин стоит особняком: суффикс -ин здесь не географический маркер (как у фамилий на -их/-ых), а стандартный патронимический, и путать его с фамилиями на -ин от слов женского рода не стоит — основа мужского прозвища здесь очевидна.