Фамилия Лопотко — характерный пример украинской модели фамилий на -ко, которая в XV–XVII веках была распространена на землях Речи Посполитой, а позже закрепилась в Поднепровье, Слобожанщине и на юге России. В этой модели суффикс -ко присоединяли к основе прозвища или имени, и со временем такое именование переходило по наследству как фамилия.

Основа фамилии — прозвище Лопоток. Оно напрямую связано с украинским глаголом «лопотати»: издавать глухие, невнятные звуки, говорить быстро и сбивчиво. Скорее всего, прозвище закрепилось за человеком с нечёткой речью или картавостью. В некоторых говорах «лопотком» называли и обжору, и болтуна, и даже обманщика — то есть прозвище могло относиться и к поведению, и к манере говорить.

Менее вероятна связь с глаголом «лопать» в значении «ломаться под тяжестью, подламываться». Если принять эту версию, прозвище мог получить человек, занятый изнурительным физическим трудом — например, бурлак или грузчик. Но эта гипотеза слабее: в украинской диалектной лексике «лопотати» встречается чаще и имеет более устойчивое прозвищное употребление, чем «лопать» в значении «гнуться».

Таким образом, фамилия Лопотко скорее всего указывает на особенность речи или характера предка, а не на его профессию. Словообразовательный тип на -ко типичен для украинских фамилий, образованных от прозвищ, и в этом смысле Лопотко стоит в одном ряду с фамилиями вроде Балакунко, Шепотко или Шумейко.