Фамилия Лопотенко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс в украинской ономастике означает «маленький», «сын» или «потомок» (буквально — «малый Лопот» или «сын Лопота»). Такие фамилии массово закрепились в Левобережной и Степной Украине в XVI–XVII веках, когда прозвище отца переходило к детям и становилось наследственным.

Основа фамилии — Лопот (или Лопота). Слово «лопотать» в восточнославянских говорах имеет два основных значения: 1) «болтать без умолку, говорить быстро и невнятно»; 2) «издавать глухой шум, хлопать» (о воде, платье, парусах). Скорее всего, прозвище Лопот дали человеку говорливому, торопливому в речи или, напротив, тому, кто говорил неразборчиво, «лопотал». В русских говорах также известно слово «лопот» — «шум, гам, говор», а в украинских — «лопотіти» с тем же значением.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным лопот (вид рыболовной сети, «лопоть» — одежда). Однако для фамилии Лопотенко первая версия (речевая характеристика) выглядит убедительнее: прозвища по особенностям речи — один из древнейших пластов славянской антропонимии (ср. Балаболенко, Говорун, Молчун).

Географически фамилия Лопотенко чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины (Полтавщина, Черкащина, Сумщина), а также в приграничных районах России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. В реестрах Войска Запорожского и переписях Гетманщины подобные прозвища фиксируются с XVII века.

По социальному происхождению носители фамилии — скорее всего, потомки казаков или крестьян: суффикс -енко в ту эпоху был распространён именно в этих сословиях, в отличие от шляхетских фамилий на -ский или московских на -ов. Таким образом, Лопотенко — фамилия, которая прямо говорит о предке: «внук (или сын) того, кого звали Лопотом», то есть человека с быстрой или невнятной речью.