Фамилия Лошеня — один из тех примеров, когда звучание обманчиво, а корень прячется не там, где кажется. На первый взгляд хочется связать её с «лошадью» или «лошадиным», но это ложный след. Основа здесь — не животное, а личное имя или прозвище.

Скорее всего, Лошеня восходит к уменьшительной форме крестильного имени Логгин (или Лонгин). В русском просторечии это имя звучало как Лоша, Лошеня — так же, как Иван превращался в Ивашу, а Сергей — в Серёгу. Суффикс -еня характерен для западнорусских и белорусских говоров: он образует ласкательные или обиходные формы имён (например, Алеся, Ясеня). Таким образом, Лошеня — это «маленький Логгин» или «сын Логина».

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от прозвища Лош, которое в диалектах могло означать «неповоротливый, вялый человек». В псковских и тверских говорах «лош» — это «ленивый», а в некоторых местах так называли даже «неуклюжего мерина». Однако прозвищная версия слабее, потому что суффикс -еня чаще прикрепляется к именам, а не к нарицательным словам.

Географически фамилия Лошеня редкая и привязана к западной части России — в основном к Смоленской, Брянской областям и к Беларуси. Встречается она и у потомков белорусской шляхты, но в основном среди крестьян и мещан. В XIX веке носители фамилии фиксировались в Могилёвской и Витебской губерниях — как православные, так и католики.

По модели образования фамилия относится к группе «полуотчеств» на -еня, которые не получили стандартного суффикса -ов/-ин. В официальных документах такие фамилии не склонялись по падежам как типичные русские, а оставались в форме именительного падежа — это характерно для белорусской ономастической традиции.