Фамилия Лотникова — женская форма от Лотников, и её происхождение напрямую связано с прозвищем Лотник. В основе лежит слово «лот», которое у В. И. Даля имеет сразу несколько значений, и это создаёт простор для разных версий, но не хаос, а осмысленный выбор.

Первое значение — «лоток, плоское корытце». Здесь Лотником могли назвать торговца, который работал с лотка: разносчика товаров, коробейника или продавца на рынке. Такое прозвище было бы «профессиональным», то есть указывало на занятие человека. Второе значение — «вес, составляющий три золотника» (в фунте 32 лота). Лотник в этом случае — человек, имеющий дело с мерами веса, возможно, весовщик, меняла или ювелир, работающий с мелкими драгоценными металлами. Третье значение — морское: «грузило на долгой веревке для измеренья глубины вод». Здесь Лотник — это лотовый, матрос или лоцман, который промерял глубину. Версия с морским делом менее вероятна для центральных регионов России, где фамилия встречается чаще, но полностью исключать её нельзя, если родословная ведёт к северным или приморским областям.

Самая правдоподобная версия — торговый или весовой Лотник. Дело в том, что фамилия Лотников (и её женская форма) довольно редкая, и её ареал не привязан к крупным портам или речным путям, что ослабляет «морскую» гипотезу. Зато суффикс -ов- указывает на типичную восточнославянскую модель присвоения фамилии по отцу: «чей?» — «Лотников сын», то есть сын Лотника. Потомок человека, которого в округе знали по прозвищу Лотник, со временем закрепил за собой фамилию Лотников, а его наследница стала Лотниковой.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Лотников стоит в одном ряду с Лотковым, Лоточниковым, Лотовым. Но Лотников уникален тем, что его основа — это не сам предмет (лот, лоток), а деятель (лотник). Это сразу говорит о конкретном занятии предка, а не просто о его связи с предметом. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные модели разбираются как типичные для «профессиональных» прозвищ, перешедших в родовые имена.