Фамилия Лубшев — одна из тех, чья форма почти полностью раскрывает историю происхождения, хотя корень и оставляет пространство для споров. В основе лежит суффикс -ев, который в русской модели присоединялся к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий. Это сразу сужает круг: перед нами отчество или отчество-прозвище, образованное от имени или прозвища Лубш.

Самая вероятная версия связывает Лубша с диалектным словом «луб», которое в русских говорах означало не только кору дерева (липовое лыко), но и грубую, жесткую ткань, а также — в переносном смысле — неотесанного, простоватого человека. В ономастических работах, в частности у Б. Унбегауна, упоминаются фамилии на -ша, которые часто образовывались от личных имён с уменьшительным или уничижительным оттенком. Лубша могло быть прозвищем мастера по обработке лыка — лубочника, или же человека с грубой кожей, «лубяного» сложения. Второй вариант — происхождение от неканонического имени Луб, которое фиксируется в старых псковских и новгородских грамотах; тогда Лубша — это его уменьшительная форма.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России. Наибольшая плотность носителей Лубшевых исторически отмечена в Псковской, Новгородской и Тверской областях — именно там промысел по заготовке лыка и плетению лаптей был особенно развит. В этих же краях встречается однокоренная фамилия Лубков, но Лубшев стоит особняком: суффикс -ш- в данном случае не уменьшительно-ласкательный, а скорее указывает на принадлежность к определённой группе людей или на прозвищную характеристику.

Встречается и более редкая гипотеза — от балтийского корня lubas (милый, любимый) через литовские или латышские заимствования, но она слабо подтверждена: в русских фамилиях на -ев такие основы почти не фиксируются, а форма Лубша для балтицизма нехарактерна. Поэтому основная версия — прозвищная, от ремесла или внешности — остаётся основной.

В крестьянской среде Лубшевы не принадлежали к высшим сословиям: фамилия не встречается в боярских списках и родословных книгах XVII века. Это фамилия людей, чьи предки жили своим трудом — лудили короба, плели лапти или просто получили прозвище за крепость и простоту.