Фамилия Лукенест — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор требует осторожности. С первого взгляда она напоминает фамилии на -ест, которые в русской традиции почти не встречаются: типичные модели — это -ов, -ин, -ский, реже -их/-ых. Форма Лукенест не вписывается ни в одну из них, что сразу указывает: перед нами не исконно русская фамилия, а заимствованная или переоформленная.

Самая вероятная версия — фамилия имеет западнославянские или балтийские корни. В польском, чешском или литовском языках суффикс -ест мог возникнуть как адаптация немецкого -ест (например, от имени Лукас с добавлением -ест, что дало бы форму «Лукас-ест» — сын Лукаса). В литовском языке существует фамилия Lūkėnestis, где корень Lūk- связан с именем Лука (лит. Lūkas), а -ėnestis — патронимический суффикс. При переходе в русскую среду окончание могло упроститься до Лукенест. Если так, то предок носителя фамилии был выходцем из Великого княжества Литовского или Польши, где такие формы были распространены среди крестьян и мещан.

Другая гипотеза — фамилия искусственная, семинарская. В духовных училищах XVIII–XIX веков ученикам нередко давали фамилии, образованные от латинских или греческих слов. Лукенест могло быть переделкой латинского lucenest (от lux, lucis — свет) — то есть «светоносный». Но это предположение слабее: в семинарских фамилиях чаще использовали суффиксы -ский или -ев, а -ест нехарактерен.

Третья, менее правдоподобная версия — связь с румынским или молдавским словом lucenește (от lucerna — люцерна). Тогда фамилия могла означать «тот, кто сеет люцерну» или «живущий у люцернового поля». Однако географическое распространение фамилии Лукенест в России крайне узкое, и в списках молдавских фамилий она не встречается, что делает эту версию маловероятной.

Поскольку фамилия редкая, точных исторических данных о её носителях нет. Скорее всего, она бытовала в западных губерниях Российской империи — на территории современной Беларуси, Литвы или Польши, где смешение языков давало такие нестандартные формы. В современной России фамилия Лукенест — единичная, что подтверждает её нерусское происхождение.