Фамилия Луханина — женская форма, но в её основе лежит мужское прозвище или имя. Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Луханина — дочь или жена Лухани. А вот с самим Луханей не всё однозначно.

Самая вероятная версия — прозвище Лухан, которое восходит к слову «лухман». В русских говорах так называли грубоватого, простоватого, неотёсанного человека. Фамилия, образованная от такой характеристики, прямо указывала на особенности поведения или характера предка-основателя. Эта версия представляется наиболее правдоподобной, поскольку слово «лухман» фиксируется в диалектной лексике, а прозвища по свойствам личности — один из самых распространённых источников русских фамилий.

Существует и альтернативное объяснение, но оно менее надёжно. По нему, в основе лежит украинское слово «луцан» — человек с круглым лицом. Фонетически «лухан» и «луцан» близки, но не тождественны, и такое заимствование потребовало бы дополнительных доказательств.

Наконец, есть версия, связывающая фамилию с каноническим именем Лука (от латинского lux — «свет»). В этом случае Лухан мог быть производной формой имени, вроде Лукан. Однако имя Лука и без того дало огромное количество фамилий (Лукин, Луканин, Луконин и т.д.), а форма «Лухан» для него нехарактерна, поэтому эта гипотеза слабее прозвищной.

Таким образом, в большинстве случаев фамилия Луханина говорит о том, что предок носителя носил прозвище Лухан — скорее всего, за простоватый или грубоватый нрав.