Фамилия Лукьненко — украинская по происхождению, о чём прямо говорит суффикс -енко. В XVII–XVIII веках этот суффикс в Поднепровье означал «сын» или «потомок»: Лукьненко — буквально «Лукьянов сын». В основе лежит крестильное имя Лукьян (церковная форма Лукиан, от латинского lux — «свет»). Имя было распространено на Руси и в Украине, поэтому фамилии на его основе встречаются в разных вариантах — Лукьянов, Лукьянченко, Лукьянчиков.

Особенность написания «Лукьненко» с мягким знаком, а не с «я» (Лукяненко) — не ошибка, а историческое отражение произношения. В украинских говорах после мягкого согласного звук [а] часто передавался как «я», но в русской записи XIX века, когда фамилии фиксировали в документах, мягкий знак сохранял мягкость предшествующего согласного. Поэтому Лукьненко — это тот же корень, что и Лукьянов, но в украинской словообразовательной модели.

В отличие от фамилий на -ов, которые чаще носили крестьяне центральной России, фамилии на -енко в XVIII–XIX веках были типичны для казачьих и мещанских родов Левобережной Украины, особенно Полтавщины и Черниговщины. Носитель фамилии Лукьненко с высокой вероятностью происходил из семьи, где имя Лукьян передавалось как родовое, а суффикс закрепил принадлежность к роду, а не к конкретному отцу.

Встречается и вариант Лукьяненко — с «я» на месте мягкого знака, он более распространён в литературной украинской орфографии. Лукьненко же — архаичная или диалектная форма письма, которая могла сохраниться в метрических книгах или переписях. Если ваша фамилия пишется именно так, это может указывать на старую запись в документах конкретной волости или на семейную традицию написания, которая не менялась с XIX века.