Фамилия Лукшайтис — это яркий пример литовской модели фамилий, которая в русском языке сохранила своё национальное окончание. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, -ин или -ский, суффикс -айтис (в оригинале -aitis) однозначно указывает на литовское происхождение и на определённую социальную и временную эпоху. В Литве это был один из самых распространённых патронимических суффиксов, который в XVI–XVII веках означал «сын такого-то». То есть Лукшайтис — буквально «сын Лукши» или «потомок Лукши».

Основа фамилии — Лукша — это краткая, разговорная форма от одного из литовских или славянских имён. Самый прямой путь — от имени Лука (литовский аналог — Lukas). В литовском языке уменьшительные формы с суффиксом -ша (Лукша, Микша, Йонша) были обычным делом. Также нельзя исключать, что в основе лежит не церковное имя, а литовское прозвище. Слово «lukštas» означает «шелуха, скорлупа» или «лущёный орех». В таком случае Лукша — прозвище человека, который, например, чистил зерно или лущил орехи, либо же так назвали сухого, «шелудивого» человека. Второй вариант встречается реже, но в прозвищной культуре вполне возможен.

Географически фамилия Лукшайтис почти наверняка ведет своё начало из региона Жемайтия (Жмудь) или Аукштайтии, где фамилии на -айтис были особенно распространены среди крестьян. В XIX веке, после отмены крепостного права, многие литовцы получили официальные фамилии именно в такой форме. В России и Беларуси эта фамилия встречается редко, и её носители — это, как правило, потомки литовцев, переселившихся в соседние губернии (Виленскую, Ковенскую, Гродненскую) или их дети, сменившие место жительства.

Интересная деталь: в литовском языке ударение в фамилии падает на первый слог — Лýкшайтис, но в русской среде часто смещается на второй или третий, что стирает исходный ритм. По паспорту у большинства носителей фамилия пишется именно через «а» (Лукшайтис), хотя в литовской орфографии она выглядит как Lukošaitis или Lukšaitis, в зависимости от корня. Если бы фамилия русифицировалась по стандартной схеме, она звучала бы как Лукшин, но этого не произошло — литовский суффикс сохранился, что делает фамилию узнаваемым маркером национальной истории её носителей.