Фамилия Лукша образована от мужского крестильного имени Лука, которое в переводе с латинского означает «светоносный». Но к имени здесь добавился нестандартный суффикс -ша, который в русской ономастике встречается реже, чем привычные -ов или -ин. Этот суффикс характерен для западнорусских и украинских земель: он образует ласкательные или уменьшительные формы имён. Так из Луки появилось Лукша — скорее всего, так в быту называли ребёнка или младшего члена семьи.

Процесс становления фамилий на Руси был долгим, поэтому назвать точное место и время возникновения рода Лукши можно только после серьёзных генеалогических изысканий. Однако модель подсказывает, что фамилия закрепилась в тех регионах, где была сильна традиция усекать полное имя и добавлять суффикс -ша: на Смоленщине, в Беларуси, на западе Украины. Там же встречаются аналогичные фамилии — Савша, Павша, Михша, образованные по тому же принципу.

По своему типу Лукша — это так называемая «полуотчество»: она фиксирует не отца, а самого носителя, но в форме, которая позже стала наследственной. Первым Лукшей могли назвать человека, носившего имя Лука, а его дети уже получали фамилию Лукша без дополнительных суффиксов. В некоторых говорах слово «лукша» означало также «лукавец» или «хитрец», но эта версия менее вероятна: прозвища с таким значением обычно образовывались от нарицательных слов, а не от крестильных имён.

В отличие от фамилии Лукин, где суффикс -ин прямо указывает на принадлежность («чей?» — Лукин), суффикс -ша в Лукше не даёт ответа на вопрос «чей?», а скорее описывает самого человека. Это делает фамилию более древней по происхождению — она могла появиться ещё до того, как на Руси повсеместно распространились притяжательные фамилии на -ов и -ин.