Фамилия Лукшич — редкий для России случай, когда славянский суффикс -ич сочетается не с полным именем, а с краткой формой. В русской традиции такие фамилии массово не образовывались: суффикс -ич характерен для сербской, хорватской, черногорской ономастики и для белорусской шляхты. Поэтому первое, что стоит предположить, — южнославянское происхождение, хотя не исключена и западнорусская или польская линия.

Основа фамилии — Лукша, уменьшительная форма от мужского имени Лука (через суффикс -ш-). В древнерусском языке и в южнославянских диалектах такие стяжённые формы были обычны: Лукша, Гавша, Игнаша. Суффикс -ша придавал имени оттенок ласкательности или просторечности. Соответственно, Лукшич — это «сын Лукши», то есть потомок человека, которого в быту звали не полным именем Лука, а уменьшительным Лукша.

В сербском ареале фамилия Лукшич встречается чаще всего, особенно в Черногории и Республике Сербской. Там она фиксируется в церковных записях с XVII–XVIII веков. В России носители Лукшич — это, как правило, потомки переселенцев с Балкан (например, сербов, поступавших на русскую службу в XVIII–XIX веках) либо результат поздней записи фамилии по отчеству у украинцев или белорусов. Важный нюанс: в русской среде фамилии на -ич обычно оставались отчествами, а не наследственными, поэтому закрепление формы Лукшич в качестве родового имени — признак именно южнославянской модели.

Родственные фамилии — Лукьянов, Лукин, Лукашевич, Лукич. Последняя особенно близка: Лукич — та же модель, но от полного имени Лука, а не от краткого. Лукшич стоит в этом ряду особняком из-за редкого суффикса -ш-. Если встретили эту фамилию у русского, стоит проверить, не идёт ли речь о потомках черногорских или герцеговинских переселенцев — в XIX веке их селили в Новороссии и на Кубани.