Фамилия Лукше — редкий пример фамилии, которая почти наверняка не русская по происхождению, а скорее балтийская или западнославянская. В русской ономастике фамилии на -ше почти не встречаются: типичные русские суффиксы — -ов, -ев, -ин, -ский. Окончание -е, а тем более сочетание -ше, указывает на иную языковую традицию. Скорее всего, перед нами фамилия литовского (жемайтского) или латышского корня, либо адаптированная польская форма.

Основа фамилии — «Лукс» или «Лукш». В литовском языке «lùkštas» означает «пустой», «полый», а «lùkšas» — «вялый», «слабый». Прозвище Лукше могло закрепиться за человеком медлительным или, наоборот, за тем, кто жил в бедной, «пустой» избе. В латышском есть слово «luksis» — «рысь», но фонетически это менее вероятно: переход «кс» в «кш» встречается, но нерегулярно.

Другой вариант — польское происхождение. В польском языке есть фамилия Łuksza или Łukszo, образованная от имени Лукаш (польский вариант Луки) через диалектное стяжение. Суффикс -ше мог возникнуть при адаптации на русской почве, когда польское окончание -о или -а переделали на слух. В этом случае Лукше — это «сын Лукаша», то есть потомок человека по имени Лука.

Географически фамилия Лукше встречается в основном в Беларуси и на западе России, особенно в Смоленской и Псковской областях, а также в Латгалии — исторической области Латвии с сильным русским и польским влиянием. Это подтверждает версию о балтийском или польском следе: именно там такие фамилии могли закрепиться и сохраниться.

Словообразовательно фамилия не имеет русского суффикса принадлежности, поэтому её нельзя разобрать по схеме «прозвище + -ов». Это либо застывшая балтийская форма (имя или прозвище в исходном виде), либо польская фамилия, записанная на слух. В любом случае, человек с фамилией Лукше, скорее всего, ведет род из западных регионов бывшей Речи Посполитой, где смешивались литовские, польские и белорусские традиции именования.