Фамилия Лукшин образована от мужского имени Лукьян, а точнее — от его уменьшительной формы Лукша. Исходное церковное имя — Лукиан, что с латыни переводится как «сын Луки», а само Лука значит «светоносный». Но в быту, а не в святцах, имена часто сокращали, и от Лукьяна пошли Лукша, Лукаш и другие производные.

Именно суффикс -ш- в основе Лукш- указывает на географию. Сравните: если в одних русских говорах от имени Никита получали фамилию Никишин, а от Ваня — Ванюшин, то в северо-западных землях гласная перед суффиксом отпадала. Отсюда — Лукшин, а не Лукашин; Акиншин, а не Акинишин; Никшин, а не Никишин. Поэтому предок Лукшиных, скорее всего, жил в северо-западных губерниях Российской империи — новгородских, псковских, тверских краях.

Фамилия относится к типичной модели «имя + -ин»: суффикс указывал на принадлежность, отвечая на вопрос «чей?». Лукшин — значит «сын Лукши». Со временем притяжательное прозвание закрепилось как наследственная фамилия. По сословному составу Лукшины могли быть крестьянами, ремесленниками или мелкими служилыми людьми — фамилия не несёт дворянских или купеческих маркеров, а её основа слишком простонародна для аристократического круга.

Сравните с однокоренными фамилиями: Лукашев, Лукашин, Лукьянов. Все они восходят к тому же имени, но различаются суффиксами и региональными вариантами произношения. Лукшин стоит в этом ряду особняком именно из-за редуцированной формы, что делает его хорошим маркером диалектной принадлежности предков.