Фамилия Лукшина образована от мужского имени Лукьян, точнее — от его просторечной, обиходной формы Лукша. В основе лежит церковное имя Лукиан (латинское «сын Луки»), а само имя Лука означает «светоносный». Уменьшительная форма Лукша, от которой пошла фамилия, характерна для северо-западных говоров Российской империи. В этих краях усечённые формы на -ша (Лукша, Акинша, Никша, Ваньша) были обычным делом, тогда как в других диалектах предпочли бы полные варианты — Лукашин, Акинишин, Никишин, Ванюшин. Перед суффиксом -ш- в северо-западном варианте гласная исчезала. Значит, основатель рода Лукшиных, скорее всего, жил в Новгородской, Псковской или смежных с ними губерниях. Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного на -ин, отвечая на вопрос «чей?»: сын Лукши, потомок Лукши. Женская форма Лукшина — это не отдельная фамилия, а грамматическое изменение по роду: если глава семьи носил фамилию Лукшин, то его жена и дочери записывались как Лукшины.