Фамилия Лунека — редкий случай, когда мы имеем дело не с привычным суффиксом -ов или -ин, а с окончанием -ека. Такая модель типична для украинских или белорусских фамилий, где -ека, -енко, -ук часто замещают русские формы. В основе лежит имя или прозвище Луня, которое, в свою очередь, восходит к слову «лунь» — так называют хищную птицу семейства ястребиных, светлого, почти белого окраса. Прозвище Лунь в старину давали либо седому, белёсому человеку (по цвету оперения птицы), либо хищному, зоркому и молчаливому охотнику.

Суффикс -ека выполняет здесь ту же роль, что и -енко в украинских фамилиях: он означает «маленький», «сын» или «потомок». То есть Лунека — это буквально «сын Луни», «маленький Лунь». Если бы фамилия сложилась на великорусской территории, она звучала бы как Лунев, но южнорусская или белорусская огласовка дала именно Лунеку. В письменных источниках XVII–XVIII веков на землях современной Черниговщины и Гомельщины встречаются крестьяне и казаки с прозвищем Луня, от которых и пошёл этот род.

Возможна и вторая, менее вероятная версия: связь с диалектным глаголом «лунить» — то есть «глядеть», «высматривать», или с устаревшим «лунь» в значении «блеск», «отсвет». В таком случае прозвище могло относиться к человеку с особенным взглядом или к тому, кто работал при лунном свете. Но первая версия — птичье прозвище — остаётся основной, подтверждённой типовой моделью образования фамилий этой группы.

Географически фамилия Лунека сегодня встречается в основном на юго-западе России, в Беларуси и на востоке Украины, что согласуется с её словообразовательной историей. Социальный состав носителей не выделялся: это были крестьяне, казаки и мещане, без привязки к дворянству.