Фамилия Лунеев, по одной из гипотез, образована от имени Луней (Луня) — уменьшительной формы крестильного мужского имени Лукьян, которое в переводе с латинского означает «свет, светлый, светящийся». Существует также другая версия происхождения этой фамилии: фамилия Лунеев восходит к прозвищу Луней, в основе которого лежит название птицы «лунь» (хищная птица семейства ястребиных с серовато-белым оперением у самца). Возможно также, что этимология фамилии Лунеев связана с диалектным глаголом «лунуть», который в новгородских и сибирских говорах означает «выстрелить, хлопнуть». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Луней, со временем получил фамилию Лунеев.